Gerade in der Übergangszeit wenn die Tage wärmer und die Nächte kühl sind, nimmt das Risiko von Ablagerungen und Pilzwachstum im Futtersilo zu. Tagsüber wird die Luft im Siloraum durch die Sonne erwärmt und nimmt Feuchtigkeit auf. Kommen die tieferen Temperaturen, kühlt sich die Luft ab und und scheidet Kondenswasser aus. Dieses schlägt sich auf der Futteroberfläche und an der Silowand nieder.

Diese Feuchtigkeit ist der ideale Nährboden für Pilzsporen. Pilze dienen mitunter als Nahrung für Kleinlebewesen wie Bakterien, Milben, Maden und Käfer. Das Futter wird verunreinigt und verdirbt. Nehmen die Tiere verdorbenes Futter auf, können verschiedenste gesundheitliche Probleme auftreten.

Diese negativen Folgen können jedoch verhindert werden, wenn Futtersilo und Entnahmetrichter regelmässig kontrolliert und gereinigt werden. Vor jeder Neubefüllung sollte das Silo inspiziert und besenrein geputzt werden. Sobald sich Ablagerungen gebildet haben, ist es Zeit für eine Nassreinigung mit Reinigungsmitteln. Je nach Schädlingsvorkommen ist nach der Nassreinigung eine Desinfektion nötig, um nachhaltige Resultate zu erzielen. Bevor frisches Futter nachgefüllt wird, muss das Silo vollständig austrocknen.